Le projet avait pour objectif de développer un flux de travail permettant la mesure de métabolites ciblés à la résolution d’une seule cellule dans des cellules cancéreuses, un défi majeur en métabolomique en raison de la très faible quantité de matière disponible et de l’impossibilité d’amplifier les métabolites. Grâce à une collaboration étroite entre le milieu académique et trois partenaires industriels, Agilent Technologies, Evosep et SEED Bioscience, le projet a permis d’importantes avancées technologiques et méthodologiques

Sur le plan instrumental, Agilent a amélioré la sensibilité de ses spectromètres de masse, menant au développement et au lancement du modèle quadripolaire 6495D, offrant une sensibilité environ quatre fois supérieure. Cette amélioration a été essentielle pour atteindre les limites de détection requises pour l’analyse unicellulaire. Parallèlement, SEED Bioscience a démontré la capacité de déposer de manière fiable des cellules uniques directement dans un tampon de lyse sur des evo tips, une étape critique pour minimiser les pertes de signal et assurer une préparation reproductible des échantillons

Sur le plan chromatographique, les approches initialement envisagées, notamment l’utilisation de résines partagées entre Agilent et Evosep pour retenir des métabolites hydrophiles, n’ont pas permis d’obtenir la stabilité et la flexibilité nécessaires. En réponse à ces difficultés, l’équipe de la plateforme de métabolomique de McGill (MIR) a développé de nouvelles stratégies de dérivatisation des métabolites, compatibles avec les colonnes nano C18 et l’extraction en phase solide. Ces méthodes ont permis d’améliorer la rétention et la séparation chromatographique, ouvrant la voie à un flux de travail plus robuste

Bien que la seconde phase du projet — l’application complète du flux de travail à des cellules cancéreuses — n’ait pas pu être réalisée dans le cadre initial en raison des défis chromatographiques rencontrés, les progrès accomplis ont été déterminants. Ils ont permis de valider plusieurs composantes essentielles du pipeline unicellulaire et de démontrer la faisabilité technique du projet

En conclusion, le projet a permis de franchir des étapes critiques vers la mise en place d’une plateforme de métabolomique ciblée à cellule unique. Il a établi les fondations technologiques, instrumentales et méthodologiques nécessaires pour mener à bien les analyses unicellulaires en contexte de recherche sur le cancer, tout en assurant la poursuite du développement grâce à de nouveaux financements structurants